L’approbation de 2 nouveaux collisionneurs asymétriques, PEP-II à Stanford et KEKB à Tsukuba a conduit les groupes français (LAL, LLR, LPNHE et Saclay) à rejoindre la collaboration BaBar.

Après l’installation de bureaux dans la coupole libérée en 1986 par le déménagement du CC-IN2P3 à Lyon, le LPNHE s’agrandit en particulier avec la construction d’un amphithéatre (qui sera appelé amphithéatre Grossetête par la suite) et la transformation des salles de scanning des photos de chambres à bulles en laboratoires et ateliers.

CAT (Cherenkov Array at Themis) est un télescope installé à Font Romeu et permettant la détection de rayons gamma à haute énergie (>200 GeV). Le spectre d’émission de la nébuleuse du Crabe devient une référence pour toute la discipline.

Première observation par CAT de la grande variabilité (jusqu’à un facteur 7) des flux de gamma reçus du noyau actif de galaxie Mrk 501, observation corroborée par les expériences Whipple et HEGRA.

À l’occasion de la mise en place d’un programme majeur d’amélioration des détecteurs du Tevatron, le LPNHE a proposé de participer à la seconde phase de l’expérience D0 en contribuant à la calibration électronique du calorimètre.

L’expérience Super-Kamiokande (au Japon) avec les neutrinos atmosphériques puis l’expérience SNO (au Canada) avec les neutrinos solaires ont établi que les neutrinos oscillaient et étaient donc massifs. Le Prix Nobel 2015 a été attribué à Takaaki Kajita et Arthur McDonald.

Le Prix Nobel 2011 a été attribué à Adam Riess, Brian Schmidt et Saul Perlmutter pour la découverte de l’expansion accélérée de l’Univers. Depuis 1997, le LPNHE participe à l’analyse des données de supernovae retraçant l’histoire de l’Univers.

Après un séjour à Berkeley (LBL) dans le groupe de Saul Perlmutter, Reynald Pain a initié au LPNHE une activité de cosmologie observationnelle en participant au Supernova Cosmology Project.