Une dynamique se met en place dans les années 90 autour de l’imagerie, notamment avec des travaux autour des matériaux scintillants ou de l’acquisition de données. Une série de prototypes sont mis au point à partir de technologies développées dans le cadre des recherches menées à l’IN2P3.  Ainsi, en 1998 au CPPM à Marseille démarre un travail d’adaptation des détecteurs à pixels de la physique des particules à l’imagerie biomédicale sur le petit animal. Ces détecteurs travaillent à 1 image par millième de seconde et sont beaucoup plus rapide que les CCD. A l’IPNO, deux projets émergent à la fin des années 90 : THOR, un appareil d’imagerie par tomographie haute résolution pour l’observation du cortex cérébral de petits rongeurs in vivo, et POCI, un prototype de gamma-caméra haute résolution miniaturisée pour localiser les zones où les tumeurs sont encore présentes lors de l’ablation chirurgicale.