Les années 90 marquent les débuts de la protonthérapie en France avec l’ouverture à Nice et à Orsay de deux centres de traitement. Le premier patient est traité en juin 1991 à Nice (Centre Antoine Lacassagne – CAL) puis en septembre 1991 à Orsay (Centre de Protonthérapie d’Orsay – CPO). Le CAL dispose d’un accélérateur de protons de 65 MeV, il est spécialisé dans les traitements des cancers oculaires. Le CPO exploite un synchro-cyclotron de 201 MeV, mis à disposition par l’IPNO qui n’en avait plus l’usage. En 1999, le projet ETOILE d’hadronthérapie de Lyon est lancé, il sera le moteur du développement de la hadronthérapie en France. Le troisième centre de protonthérapie en France sera finalement inauguré à Caen en 2018.