Plusieurs initiatives de collaboration entre des physiciens et des biologistes se construisent dans les années 90. En 1989, la première ligne microfaisceau (on parle aussi de « microsonde ») est mise en place au CENBG et des cellules en culture ont pu être cartographiées dès 1993 pour visualiser la pénétration de drogues anticancéreuses dans des cellules tumorales. En 1998, la bioinformatique est expérimentée au LPC en collaboration avec un laboratoire de biologie des protistes; les moyens de calcul de l’IN2P3 leur sont mis à disposition.
La même année, le LAL participe à un projet européen d’imageur pour un séquenceur d’ADN automatisé et rapide. Egalement, à Bordeaux, la première acquisition tomographique tridimensionnelle d’une cellule cancéreuse humaine est réalisée sur la microsonde, à l’échelle micrométrique. Toujours au CENBG, quelques années plus tard, en 2004, une ligne d’irradiation sera construite pour étudier l’impact des faibles doses de rayonnement ionisant sur les cellules biologiques en culture, jusqu’à la limite utime d’un ion par cellule.